Existe alguma forma de verificação via Webservice do regime de recolhimento do ISSQN, se pelo prestador do serviço (não retido) ou se pelo tomador do serviço (retido), para que os contribuintes não precisem realizar consultas manuais a cada nota emitida?

Não. Todavia, ao encaminhar o Recibo Provisório de Serviço - RPS com os tipos de recolhimento 1 para ISS Retido ou 2 para ISSQN não Retido via Webservice, o sistema valida o dado e retorna o tipo de recolhimento correto ("E36 - Informação de ISSQN retido inválido. / Utilize um dos tipos: 1 para ISS Retido ou 2 para ISSQN não Retido."). Por exemplo, se o tipo de recolhimento informado foi o 1 e retornou o erro E36, deve-se alterar o tipo de recolhimento para 2 e vice-versa. A consulta individual está disponível em https://novanfse.campinas.sp.gov.br/notafiscal/paginas/portal/index.html#/substitutoTributario .